Die politische Begleitung der europäischen Forschungsinitiative Eureka und die administrative Betreuung der Projekte sind in einem dezentralen Netzwerk organisiert, in dem die Regierungen aller Mitgliedsländer und die Europäische Kommission vertreten sind. Im jährlichen Wechsel übernimmt ein Mitgliedsland den Vorsitz und koordiniert die politische und strategische Fortentwicklung. Die Gremien werden dabei jeweils von einem Vertreter des Vorsitzlandes geleitet.

Die Gruppe Hoher Repräsentanten (High Level Group, HLG)

• besteht aus je einem Vertreter der für Eureka zuständigen Ministerien aller Mitgliedsländer sowie einem Vertreter der für Forschung zuständigen Generaldirektion der Europäischen Kommission (Deutschland ist in dieser Gruppe durch einen leitenden Beamten des Bundesministeriums für Bildung und Forschung vertreten)
• ist das höchste Entscheidungsgremium
• entwickelt und verfolgt die Grundsätze, Strategien und Ziele von Eureka
• entscheidet über die Bewilligung und damit über den Eureka-Status der von der Gruppe Nationaler Projektkoordinatoren vorgeschlagenen neuen Projekte
• trifft sich zu 3-4 Sitzungen pro Jahr

Exekutivgruppe (Executive Group, EG)

• besteht aus den Hohen Repräsentanten von Mitgliedsländern (jeweils ein Mitglied des vorherigen, des derzeitigen und des zukünftigen Vorsitzlandes sowie weitere vom jeweiligen Vorsitzland ausgewählte Mitgliedsländer)
• fungiert als Beratungsgremium des jeweiligen Vorsitzlandes
• bereitet die Diskussion und die Entscheidungen der Gruppe der Hohen Repräsentanten vor
• weitere Aufgaben können von der Gruppe der Hohen Repräsentanten an die Exekutivgruppe delegiert werden
• trifft sich zu bis zu 8 Sitzungen pro Jahr

Die Nationalen Projektkoordinatoren (National Project Coordinators, NPC)

• sind Vertreter der für die Betreuung von Eureka zuständigen Organisationen aller Mitgliedsländer sowie einem Vertreter der Generaldirektion „Forschung“ der Europäischen Kommission. Der Nationale Projektkoordinator für Deutschland ist angesiedelt im EUREKA-Büro im DLR Projektträger
• sind Ansprechpartner für Eureka-Antragsteller, Projektteilnehmer und andere Interessenten
• beraten und unterstützen Unternehmen und Forschungseinrichtungen bei der Initiierung und Durchführung ihrer Projekte
• nehmen die Projektvorschläge entgegen, evaluieren sie nach einem gemeinsamen Bewertungssystem und schlagen der Gruppe der Hohen Repräsentanten Projekte zur Bewilligung vor
• betreuen die laufenden Projekte
• beraten und unterstützen die Gruppe der Hohen Repräsentanten und setzen die projektbezogenen Beschlüsse um
• informieren in ihren Ländern über Eureka
• treffen sich zu 3-4 Sitzungen pro Jahr

Das Eureka-Sekretariat Brüssel (ESE)

• ist das gemeinsame Dienstleistungszentrum des Eureka-Netzwerks
• unterstützt den jeweiligen Eureka-Vorsitz und die Eureka-Gremien bei ihrer Arbeit
• sammelt und verteilt Informationen über die Projekte
• betreibt die zentrale Projektdatenbank
• trägt im Einvernehmen mit den Eureka-Mitgliedern zur Öffentlichkeitsarbeit bei
• unterhält die internationale Website von Eureka